測(cè)序標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)室布局分區(qū)建設(shè)要求上海西遞

上海西遞實(shí)業(yè)有限公司為您提供測(cè)序標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)室布局分區(qū)建設(shè)要求上海西遞。一、二代基因測(cè)序?qū)嶒?yàn)室的發(fā)展與應(yīng)用二代基因測(cè)序（next-generation sequencing，ngs）技術(shù)，主要應(yīng)用于-檢測(cè)，如遺傳-、實(shí)體-、--、-性-、人類(lèi)白細(xì)胞抗原分析及非侵襲性產(chǎn)前-等。-有關(guān)學(xué)會(huì)已-相關(guān)共識(shí)與指南以推動(dòng)其在-中的應(yīng)用。二代基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的處理分析提出了-的要求。目-代基因測(cè)序?qū)嶒?yàn)室建設(shè)數(shù)據(jù)分析軟件很多，但是絕大多數(shù)軟件僅能完成單一的分析功能，如何能正確gao效地選擇整合這些軟件已成為迫切需求。saren對(duì)于二代基因測(cè)序?qū)嶒?yàn)室建設(shè)已經(jīng)有所研究。三仁-開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)了一套基于二代基因測(cè)序-的實(shí)驗(yàn)室建設(shè)方案，wan美的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)原理，一站式建設(shè)和規(guī)劃方案，簡(jiǎn)化了數(shù)據(jù)分析過(guò)程中的人工操作，-提高了運(yùn)行效率。二、二代測(cè)序（ngs）實(shí)驗(yàn)室裝修設(shè)計(jì)之布局分區(qū)1. 原則上ngs實(shí)驗(yàn)室應(yīng)當(dāng)分為分區(qū)：樣本前處理區(qū)、試劑儲(chǔ)存和準(zhǔn)備區(qū)、樣本制備區(qū)、-制備區(qū)、雜交捕獲區(qū)/多重pcr區(qū)域（一擴(kuò)增區(qū)）、-擴(kuò)增區(qū)（二擴(kuò)增區(qū)）、-檢測(cè)與質(zhì)控區(qū)、測(cè)序區(qū)、數(shù)據(jù)存貯區(qū)。2.各工作區(qū)的空氣和人員流向應(yīng)按照<-機(jī)構(gòu)-基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室工作導(dǎo)則>的要求來(lái)設(shè)計(jì)。3. 實(shí)際設(shè)計(jì)中的布局分區(qū)可根據(jù)實(shí)際情況合并，通常由建設(shè)方提出要求，或?qū)嶒?yàn)室裝修設(shè)計(jì)公司給出建議、由雙方協(xié)商決定。但是在前處理和建庫(kù)時(shí)，-樣本應(yīng)與組織樣本分開(kāi)。三、二代測(cè)序（ngs）實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)要求1．ngs檢測(cè)人員的-要求：ngs檢測(cè)-應(yīng)具備-病理學(xué)、分子生物學(xué)的相關(guān)大專(zhuān)以上-，并經(jīng)過(guò)ngs技術(shù)的理論與技能培訓(xùn)合格。數(shù)據(jù)分析人員應(yīng)具有-醫(yī)學(xué)或分子生物學(xué)或遺傳學(xué)知識(shí)背景并經(jīng)生物信息學(xué)培訓(xùn)。zui終報(bào)告應(yīng)由中級(jí)或碩士以上具有病理學(xué)背景、經(jīng)培訓(xùn)合格的本單位執(zhí)業(yè)-或者授權(quán)簽字人(醫(yī)學(xué)博士-或gao級(jí)-)審核。2．ngs檢測(cè)試劑及項(xiàng)目要求：試劑和測(cè)序平臺(tái)均應(yīng)選擇食品--管理-(cfda)-產(chǎn)品。涉及到實(shí)驗(yàn)室自配試劑，應(yīng)該有嚴(yán)格的試劑制備標(biāo)準(zhǔn)操作規(guī)程（sop），需經(jīng)過(guò)-實(shí)驗(yàn)室自建項(xiàng)目(ldt)驗(yàn)證合格才可使用。每個(gè)ngs檢測(cè)項(xiàng)目在驗(yàn)證時(shí)需要根據(jù)建庫(kù)方法、測(cè)序平臺(tái)和分析工具以及不同的突變類(lèi)型包括，單堿基突變single nucleotidevariant，snvs、小片段插入或者缺失（indels）、基因拷貝數(shù)變異copynumber variations（cnvs）、染色體結(jié)構(gòu)變異，structuralvariation（svs）以及不同的樣本類(lèi)型（如ffpe組織、新鮮組織、全血、胸水等）對(duì)特定panel的準(zhǔn)確性、-性、敏感性、特-等性能參數(shù)進(jìn)行l(wèi)dt驗(yàn)證。應(yīng)該有經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)品測(cè)試的在不同的mutant allele frequencies（maf）下，不同測(cè)序-的靈敏度及特-數(shù)據(jù)，確定不同樣本的可信的測(cè)序-。經(jīng)驗(yàn)證后，sop發(fā)生的任何改動(dòng)，包括試劑、儀器、基因項(xiàng)目等都需要重新做驗(yàn)證。驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果簽名留底備案。3．ngs檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室的管理要求：ngs檢測(cè)主要包括實(shí)驗(yàn)操作和生物信息學(xué)分析兩部分。實(shí)驗(yàn)操作部分包括樣本準(zhǔn)備、-制備、編碼（barcoding）、目標(biāo)區(qū)域富集、測(cè)序等；生物信息學(xué)分析部分包括定位（mapping）、比對(duì)、變異識(shí)別、變異注釋、變異-及報(bào)告等。上述流程均需要建立實(shí)驗(yàn)室管理體系文件和sop及機(jī)器運(yùn)行和維護(hù)sop，具有嚴(yán)格的室內(nèi)質(zhì)控措施；定期參加室間質(zhì)評(píng)以有及持續(xù)的-和改進(jìn)計(jì)劃。

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